碩士班設置組別與介紹
道學輔導組
課程設計除了基礎聖經與神學課程，將強化教牧輔導的能力，畢業後在教會可擔任傳道人、時間分配上可以有比較大的比重是投入在諮商、輔導的事奉中。
跨文化研究組
培育具福音基礎與國際觀、有神學反思與文化人類學觀察能力之宣教士，使其在跨文化宣教中，成為合神心意的工人與僕人領袖。
聖經研究組
以聖經、神學和實踐課程栽培蒙召傳道者，可在教會或機構擔任全職傳道同工。
教牧宣教研究所老師及聯絡方式
| 姓名 | 電子信箱 |
| 吳存仁(所長) | tsenjen@ces.org.tw |
| 戴繼宗 | jhtfour@ces.org.tw |
| 吳獻章 | timothywu@ces.org.tw |
| 蔡珍莉 | lilychua@ces.org.tw |
| 程玲 | lcheng@ces.org.tw |
| 邱顯正 | wchiu@ces.org.tw |
| 焦如品 | jyeo@ces.org.tw |
| 凃偉文 | weiwentu@ces.org.tw |
| 盧聲天 | wbng71@ces.org.tw |