董事會，校長，副校長，校長室；研究單位：基督教神學與宗教研究中心、教牧與跨文化研究中心；教學單位：神學研究所、教牧宣教研究所；行政單位：教務處(圖書館)、學務處、推廣教育處、行政處(總務室、人力資源室、資訊室)、會計室、企劃室；校牧室